91 国产 数理科学学院2024年第五十八期计划生论坛凯旋举办

应用数学与交叉科学计划中心生物信息学团队于2024年4月第3次组会按时举行91 国产，小组举座成员和诸君导师共同插足。在此次组会上，由两名研一学生和又名研二学目生别呈报我方的计划进展，然后至意与同学们对呈报实质进行学术探讨，并对存在的问题给出相应的联接和建议。

李莎莎：本次呈报了近期的职责进展：RNA分子在生物体内有着突出繁重的功能，而这些功能和它的三维结构有精采的有关，RNA多分支环是RNA分子中常见而况比拟极端的一类结构单位，分子间的各式互相使得它的不同分支之间会发生共轴堆积互相作用，因此RNA多分支环中哪两个分支会发生共轴堆积成了咱们热心的问题之一。因此为了对多分支环共轴堆积进行揣度，咱们从已知三维结构的非冗余RNA中索求了三分支环、四分支环以及高阶分支环所拆分得到的二分支数据，以分支环的二级结构信息看成特征，共轴堆积情况看成标签构建数据集。并通过立地丛林、SVM、KNN、xgboost、lightGBM、GBDT、Adaboost等算法对数据集进行教师并测试，三分支环的测试精度可达到0.86、四分支环的测试精度可达到0.93，关于更高阶的分支所拆成的二分支数据的揣度精度也不错达到0.9以上，相较于Scklick的三分支81%、四分支77%、高阶分支60%，在咱们新增数据量和新增特征之后揣度精度有一定的提高。

和琰：本次组会呈报了一篇文件《A relay velocity model infers cell-dependent RNA velocity》。RNA速率提供了一种从单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据推断细胞景况转换的弱点。传统的RNA速率模子在scRNA-seq执行中推断出统共细胞的多数能源学，导致在细胞景况的多阶段和/或多谱系转换的执行中发挥不能揣度，因为统共细胞的雷同能源学速率的假定不再适用。在这里，咱们建议了cellDancer，这是一个可扩张的深度神经采集，它局部推断每个细胞的速率，然后尽力于一系列局部速率，以提供速率能源学的单细胞分辨率推断。在仿真基准测试中，cellDancer在多动描画态、高失分率数据集和寥落数据集上发挥出鲁棒性。咱们发现cellDancer克服了现存RNA速率模子在模拟纯属红细胞和海马发育方面的局限性。此外，cellDancer提供了细胞特异性的转录、剪接和降解率揣度，咱们觉得这是小鼠胰腺细胞红运的潜在标的。

柯璐：本次呈报了一篇文件《A topological approach for protein classification》，探讨了使用握续同源看成卵白质分类的零丁器用的后劲。为此，建议一种基于分子拓扑指纹的扶植向量机（MTF-SVM）分类器。具体来说，仅把柄卵白质拓扑指纹构建机器学习特征向量，卵白质拓扑指纹是过滤进程中生成的拓扑不变量。为了考证刻下的 MTF-SVM 弱点，计划四种类型的问题。率先，控制甲型流感病毒的 M2 通谈卵白计划卵白质-药物不绝。在分手药物不绝和未不绝的 M2 通谈方面已毕了 96% 的准确度。其次，计划了使用 MTF-SVM 对卤莽和拉紧体式的血红卵白分子进行分类，并取得了约 80% 的准确度。案例1和案例2考试了基于拓扑指纹的分类弱点在分手雷同卵白质不同构象方面的性能。第三，使用900个卵白质进行统共α、统共β和α-β卵白质结构域的果决。发现该果决的告捷率平均为85%，这考证了该弱点在捕捉局部二级结构相反方面的有用性。终末，将本时代应用于1357个样本的卵白质超眷属的55个分类任务和11944个样本的246个分类任务。平均准确率达到82%和73%。考试了该弱点局部和全局拓扑特征的不绝用于分手不同卵白质超眷属的智商。本计划将臆想拓扑建筑为卵白质分类的零丁且有用的替代有野心。

— 学生呈报像片展示 —

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